Secara kelembagaan di tingkat universitas pemegang kepentingan sistem penjaminan mutu internal UNAYA terdiri atas: Yayasan, Senat Universitas, Pimpinan Universitas, dan Lembaga Penjaminan Mutu (LPJM). Di tingkat Fakultas pemegang kepentingan sistem penjaminan mutu internal terdiri atas: Senat Fakultas, Pimpinan Fakultas/ Lembaga dan Gugus Penjaminan Mutu Fakultas (GPMF) serta Lembaga Penjaminan Mutu di tingkat Universitas. Sedangkan di tingkat Jurusan/Program Studi/Bagian, sistem penjaminan mutu internal ditangani oleh Unit Penjaminan Mutu Program Studi (UPMPS).

Lembaga penjaminan mutu (LPJM) Universitas Abulyatama berada langsung dibawah Rektor. Guna memudahkan koordinasi di tingkat fakultas dibentuk Gugus Penjaminan Mutu Fakultas (GPMF) yang fungsinya dilaksanakan oleh Wakil Dekan kecuali Fakultas Kedokteran, dan Unit Penjaminan Mutu Program Studi (UPMPS) yang fungsinya dilaksanakan oleh Ketua Program Studi. LPJM berkoordinasi langsung dengan Dekan dan Kepala-Kepala Unit Pelaksana Teknis (UPT) yang berada di Universitas Abulyatama.